Quién vive en el suelo: bacterias, hongos, arqueas, protistas
Los habitantes
En el microhábitat que describimos en la entrega anterior vive una comunidad enorme y variada. Para entenderla conviene agrupar a sus miembros por estrategia de vida, no solo por nombre. El tamaño, la forma de obtener energía y el modo de crecer determinan qué papel ecológico juega cada grupo.
Cinco grandes protagonistas: bacterias, arqueas, hongos, protistas y virus. Vamos uno a uno.
Bacterias: las que mandan en número
Las bacterias son los habitantes más abundantes del suelo, del orden de mil millones por gramo. Son células pequeñas (alrededor de 1 µm), sin núcleo, con una versatilidad metabólica que ningún otro grupo iguala. Esa versatilidad es su rasgo definitorio: hay bacterias capaces de obtener energía de casi cualquier fuente química imaginable.
En el suelo conviene distinguir dos estilos de vida bacterianos, una distinción clásica y muy útil:
- Copiotrofas (estrategas r): crecen rápido cuando hay nutrientes abundantes. Aparecen en cuanto llega un resto vegetal fresco o un exudado de raíz, se multiplican a toda velocidad y agotan el recurso. Muchas Pseudomonas y Bacillus siguen esta estrategia.
- Oligotrofas (estrategas K): crecen despacio, especializadas en sobrevivir con poco. Dominan el suelo “de fondo”, donde los nutrientes escasean. Muchas Actinobacteria y Acidobacteria son así.
Esta diferencia explica por qué la comunidad del suelo cambia tras una lluvia o un aporte de materia orgánica: primero estallan las copiotrofas, luego, cuando el banquete se acaba, vuelven a dominar las oligotrofas pacientes.
Grupos bacterianos que reaparecerán en esta ruta:
- Proteobacterias: enorme grupo que incluye a Rhizobium (fijación de nitrógeno) y muchas PGPR.
- Actinobacteria (o Actinomycetota): bacterias que crecen en filamentos ramificados parecidos a hifas. Producen la mayoría de los antibióticos conocidos y el olor a “tierra mojada” (geosmina). Incluyen a Frankia, fijadora de nitrógeno en actinorizas.
- Firmicutes (o Bacillota): muchas forman esporas resistentes, lo que las hace ideales para inoculantes comerciales.
Arqueas: el tercer dominio, discreto pero clave
Durante mucho tiempo se creyó que las arqueas vivían solo en ambientes extremos (fuentes termales, salinas). El error vino de que no crecían en placa. La secuenciación reveló que están por todo el suelo, a veces en gran proporción.
Su papel agronómico más importante apareció hace relativamente poco: una parte sustancial de la oxidación de amonio (el primer paso de la nitrificación, central en el ciclo del nitrógeno) la realizan arqueas oxidadoras de amonio, no solo bacterias. En suelos ácidos y pobres, las arqueas pueden dominar este proceso. Volveremos a ellas en el bloque del nitrógeno.
Hongos: los arquitectos filamentosos
Los hongos juegan en otra liga estructural. La mayoría crecen como hifas, filamentos que se extienden y ramifican formando una red llamada micelio. Esta forma de crecer lo cambia todo:
- Alcance: una hifa puede atravesar poros y zonas secas que una bacteria nunca cruzaría, conectando microhábitats separados. El micelio explora el suelo como una red de carreteras.
- Degradación de lo difícil: los hongos son los grandes descomponedores de los compuestos vegetales más recalcitrantes, sobre todo la lignina y la celulosa. Sin hongos, la madera no se recicla.
- Estructura del suelo: las hifas envuelven y pegan partículas, contribuyendo decisivamente a la formación de agregados estables.
Dos papeles fúngicos serán protagonistas más adelante:
- Micorrizas: hongos que se asocian con las raíces de la mayoría de las plantas, extendiendo su sistema de absorción. Es la simbiosis más extendida del planeta y le dedicamos un tutorial entero.
- Patógenos y biocontrol: algunos hongos enferman a las plantas, y otros (como Trichoderma) las protegen atacando a los patógenos.
La relación bacterias frente a hongos es uno de los grandes ejes del suelo. A grandes rasgos, los suelos perturbados y ricos en nitrógeno tienden a dominio bacteriano, mientras que los suelos forestales estables y ricos en materia orgánica compleja tienden a dominio fúngico. El cociente hongos/bacterias se usa como indicador del estado de un suelo.
Protistas: los depredadores olvidados
Los protistas (organismos eucariotas unicelulares, antes llamados en parte “protozoos”) son los grandes ausentes de la divulgación, y sin embargo cumplen un papel ecológico enorme: son los principales depredadores de bacterias del suelo.
Esto importa más de lo que parece. Cuando un protista se come una bacteria, no solo controla su población: libera nutrientes. La bacteria tiene mucho nitrógeno en sus proteínas. El protista usa el carbono y excreta el nitrógeno sobrante en forma mineral, disponible para las plantas. Este “bucle microbiano” del suelo es una vía importante por la que el nitrógeno inmovilizado en biomasa bacteriana vuelve a estar accesible para los cultivos. La depredación, paradójicamente, fertiliza.
Virus: los más numerosos, los menos entendidos
Si contamos partículas, los virus (sobre todo bacteriófagos, que infectan bacterias) son probablemente los entes biológicos más abundantes del suelo, por delante incluso de las bacterias. Su papel se está empezando a entender:
- Control de poblaciones: al infectar y lisar bacterias, modulan qué grupos dominan.
- Reciclaje: la lisis libera el contenido celular, aportando nutrientes (la “lanzadera vírica”).
- Transferencia de genes: los fagos mueven genes entre bacterias, incluidos genes de resistencia o de nuevas capacidades metabólicas.
Es la frontera menos explorada de la microbiología del suelo. Quédate con la idea de que están y de que importan.
Una comunidad, no una lista
El error más común al estudiar esto es quedarse con la lista de grupos. Lo esencial es que forman una red de interacciones:
- Las bacterias y hongos descomponen la materia orgánica y compiten por ella.
- Los protistas depredan bacterias y reciclan nutrientes.
- Los virus modulan las poblaciones bacterianas.
- Las raíces de las plantas alimentan a todos con sus exudados y seleccionan a sus aliados.
Todo a la vez, en el mosaico de microhábitats del tutorial anterior. Cuando en metagenómica veas una tabla de abundancias con cientos de géneros, detrás hay esta red funcionando. La composición que mides es la foto de un momento de esa dinámica.
Una nota sobre el tamaño
Vale la pena interiorizar las escalas, porque explican muchos comportamientos:
| Organismo | Tamaño típico |
|---|---|
| Virus / fago | 0,02 a 0,2 µm |
| Bacteria | 0,5 a 2 µm |
| Arquea | 0,5 a 2 µm |
| Hifa fúngica (diámetro) | 2 a 10 µm |
| Protista | 5 a 50 µm |
Una bacteria y el protista que se la come difieren en tamaño tanto como una persona y una ballena. En el suelo, esas diferencias de escala definen quién cabe en qué poro, quién se come a quién y quién alcanza qué recurso.
Ideas para llevarse
- Las bacterias dominan en número y versatilidad metabólica, con estrategias rápidas (copiotrofas) y pacientes (oligotrofas).
- Los hongos, filamentosos, alcanzan lo que las bacterias no, degradan lo recalcitrante y estructuran el suelo.
- Las arqueas son abundantes y clave en la oxidación de amonio.
- Los protistas depredan bacterias y, al hacerlo, liberan nutrientes para las plantas.
- Los virus son los más numerosos y modulan toda la comunidad.
- Lo importante no es la lista, sino la red de interacciones que forman.
En la siguiente entrega
Sabemos quién vive en el suelo y dónde. La siguiente pregunta es metodológica y fascinante: ¿cómo lo sabemos, si el 99 % no crece en placa? La siguiente entrega recorre las técnicas para estudiar la comunidad del suelo, del cultivo clásico a las herramientas moleculares que destaparon ese mundo oculto. Lo siguiente.