Tutoriales

Piezas autónomas para resolver una tarea concreta

Cada tutorial es autónomo: tiene un objetivo claro, una duración estimada y los prerrequisitos explícitos. Filtra por lenguaje, dominio o nivel para encontrar lo que necesitas.

Si lo que quieres es aprender progresivamente un dominio completo, ve a Rutas.

ANOVA: cuando hay más de dos grupos

El test F para comparar tres o más grupos. aov() vs lm() + anova(), post-hoc con Tukey HSD, tipos de sumas de cuadrados, y Kruskal-Wallis como alternativa no-paramétrica.

Lenguaje r
Dominio statistics
Nivel intermediate
Minutos 15

Anatomía de tidymodels: el ecosistema

tidymodels no es un paquete sino un ecosistema de 7 paquetes core. Qué hace cada uno (rsample, recipes, parsnip, workflows, tune, yardstick, workflowsets), comparación con…

Lenguaje r
Dominio modeling
Nivel intermediate
Minutos 15

Anatomía de una app: ui + server + run

Las tres piezas universales de cualquier app Shiny: ui (lo que se ve), server (lo que ocurre) y shinyApp() (el conector). Single-file vs app.R + global.R + ui.R + server.R…

Lenguaje r
Dominio web-apps
Nivel intermediate
Minutos 15

Anexo, QIIME2: alternativa Python/CLI para amplicón

Por qué QIIME2 existe, cuándo elegirlo sobre el flujo R/Bioconductor, su workflow canónico (import → demux → DADA2 plugin → SILVA → core-metrics → ANCOM), y cómo importar…

Lenguaje r
Dominio bioinformatics
Nivel intermediate
Minutos 15

Anotaciones: text, label, annotate

Etiquetas, líneas de referencia y marcadores destacados. geom_text vs geom_label, ggrepel para evitar solapamientos, annotate() para marcadores fijos y líneas de referencia…

Lenguaje r
Dominio visualization
Nivel intro
Minutos 15

Anotación de genes: AnnotationDbi, org.*.eg.db

Cómo pasar de IDs (ENSG00000123456) a símbolos (TP53) y descripciones. Los paquetes org.*.eg.db, AnnotationDbi::mapIds, las trampas de mapeos uno-a-muchos y una pasada…

Lenguaje r
Dominio bioinformatics
Nivel intro
Minutos 18

Asignación taxonómica con SILVA

De ASVs anónimos a nombres bacterianos. Cómo funciona assignTaxonomy() con el clasificador Bayesiano de RDP, comparación SILVA vs GTDB, asignación a nivel de especie con…

Lenguaje r
Dominio bioinformatics
Nivel intermediate
Minutos 15

Bioconductor: instalación y filosofía

Qué es Bioconductor, en qué se distingue de CRAN, cómo se instala con BiocManager, los ciclos de release y por qué importan para reproducibilidad.

Lenguaje r
Dominio bioinformatics
Nivel intro
Minutos 12

Biofertilizantes e inoculantes: de la cepa al campo

Cómo se convierte un microorganismo prometedor en un producto agrícola. Aislamiento, selección de cepas élite, formulación, control de calidad, por qué fallan en el campo y…

Lenguaje  
Dominio microbiologia
Nivel intro
Minutos 18

Caché y freeze: render sin recalcular todo

Cómo no esperar 10 minutos cada vez que cambias una coma. Cache de chunks de knitr, freeze a nivel de proyecto, cuándo invalidar y los patrones para iterar rápido sobre…

Lenguaje r
Dominio reproducibilidad
Nivel intro
Minutos 12

Cargar y filtrar counts

Tres formas de cargar datos RNA-seq en R: matriz cruda desde CSV, importación moderna con tximeta desde Salmon y descarga de datasets públicos. Cómo construir el colData…

Lenguaje r
Dominio bioinformatics
Nivel intro
Minutos 15

Caso completo: ANCOM-BC + informe Quarto

Un análisis 16S de principio a fin sobre el dataset de obesidad y Bacteroides 2 enterotype. DADA2 → phyloseq → diversidad → análisis diferencial composicional con ANCOM-BC y…

Lenguaje r
Dominio bioinformatics
Nivel intermediate
Minutos 30

Caso completo: EDA publicable

Un análisis exploratorio de principio a fin sobre un dataset real. Lectura, limpieza, exploración, agregación, visualización y conclusiones, el flujo idiomático moderno con…

Lenguaje python
Dominio eda
Nivel intro
Minutos 25

Caso completo: análisis diferencial con airway

Un análisis RNA-seq de principio a fin sobre el dataset airway. Carga, filtrado, modelo con DESeq2 ajustando por línea celular, shrinkage, QC visual, volcano publicable…

Lenguaje r
Dominio bioinformatics
Nivel intro
Minutos 25

Caso completo: análisis estadístico publicable

Un análisis clínico end-to-end con bajo peso al nacer (birthwt). Descriptiva, comparaciones univariadas, regresión múltiple, diagnóstico, tamaños de efecto y tabla final con…

Lenguaje r
Dominio statistics
Nivel intermediate
Minutos 25

Caso completo: dashboard con módulos, plotly y deploy

Un dashboard real end-to-end con NYC flights. Arquitectura modular, UI con bslib + value_box, gráficos plotly con selección que filtra, tabla reactable con descarga CSV, y…

Lenguaje r
Dominio web-apps
Nivel intermediate
Minutos 30

Caso completo: del CSV a un modelo defendible

Un proyecto de ML end-to-end con tidymodels. Predicción de impago en créditos con división, recipe, comparación de 3 modelos vía workflowsets, tuning del ganador, evaluación…

Lenguaje r
Dominio modeling
Nivel intermediate
Minutos 35

Caso completo: del EDA al gráfico publicable

Un análisis real con ggplot2 de principio a fin: del gráfico exploratorio rápido a la figura editorial publicable. Aplica los 10 tutoriales anteriores sobre los datos de la…

Lenguaje r
Dominio visualization
Nivel intro
Minutos 30

Chunks: R y Python en el mismo documento

Anatomía de un chunk Quarto. Las opciones que importan (echo, eval, output, error), R con knitr y Python con jupyter, pasar datos entre los dos lenguajes con reticulate y el…

Lenguaje r
Dominio reproducibilidad
Nivel intro
Minutos 18

Ciclos biogeoquímicos: el suelo como motor planetario

Visión de conjunto del carbono, el nitrógeno y el azufre. Por qué los microorganismos del suelo son insustituibles en estos ciclos, cómo se acoplan entre sí y qué papel…

Lenguaje  
Dominio microbiologia
Nivel intro
Minutos 16

Color y accesibilidad: paletas que funcionan

Por qué el color importa más de lo que parece. Discretas vs continuas, viridis y por qué, simular daltonismo con colorspace y construir paletas de marca accesibles.

Lenguaje r
Dominio visualization
Nivel intro
Minutos 15

Comparar dos grupos: t-test y Wilcoxon

El test más usado de toda la estadística. Welch como default, Student vs Welch, una-muestra vs dos-muestras vs pareados, y cuándo Wilcoxon es la alternativa correcta.

Lenguaje r
Dominio statistics
Nivel intermediate
Minutos 15

Correlación: Pearson, Spearman, qué reportar

Qué mide una correlación. Pearson para relaciones lineales, Spearman para monótonas no-lineales, Kendall para muestras pequeñas. La regla de oro: visualiza siempre antes de…

Lenguaje r
Dominio statistics
Nivel intermediate
Minutos 15

Cross-references, citas y bibliografía

Cómo referenciar figuras, tablas, secciones y ecuaciones de forma legible. Citas con archivos .bib, inserción rápida con DOIs, estilos CSL y los detalles que distinguen un…

Lenguaje r
Dominio reproducibilidad
Nivel intro
Minutos 15

Cross-validation correcto

Cómo estimar generalización sin tocar el test set. fit_resamples(), collect_metrics, collect_predictions, CV repetida cuando hace falta y por qué CV no sustituye al test set.

Lenguaje r
Dominio modeling
Nivel intermediate
Minutos 20

Cuándo es ML y cuándo es estadística

La distinción fundamental entre inferencia y predicción. Las dos culturas de Breiman, por qué la métrica de éxito cambia, y cuándo NO necesitas ML.

Lenguaje r
Dominio modeling
Nivel intermediate
Minutos 15

Cómo se estudia la comunidad del suelo

Del cultivo en placa a la secuenciación masiva. La gran anomalía del recuento en placa, las técnicas moleculares clásicas (DGGE, FISH, qPCR) y por qué la metagenómica…

Lenguaje  
Dominio microbiologia
Nivel intro
Minutos 16

DESeq2: el flujo básico

El ciclo central de DESeq2 en tres llamadas: DESeq(), results() y resultsNames(). Qué hace cada paso por dentro, size factors, dispersiones, modelo NB, y por qué la…

Lenguaje r
Dominio bioinformatics
Nivel intro
Minutos 18

De FASTQ a count matrix: el camino

Qué pasa entre el secuenciador y la matriz que cargas en R. QC con FastQC, pseudoalignment con Salmon vs alignment con STAR, cuantificación a nivel de gen y por qué cada…

Lenguaje r
Dominio bioinformatics
Nivel intro
Minutos 18

De muestra a FASTQ + bases de datos públicas

Qué pasa entre la muestra biológica y los reads. Extracción de DNA, preparación de librería, QC del secuenciador, y dónde están los datasets públicos (SRA, MGnify, HMP…

Lenguaje r
Dominio bioinformatics
Nivel intermediate
Minutos 18

Despliegue: shinyapps.io, Posit Connect, ShinyProxy

El espectro de opciones según privacidad, escala y presupuesto. shinyapps.io para el atajo, Posit Connect para enterprise managed, ShinyProxy para open-source enterprise…

Lenguaje r
Dominio web-apps
Nivel intermediate
Minutos 15

Diagnóstico: residuales, outliers, leverage

Los 4 gráficos de plot(lm), residuales vs ajustados para detectar no-linealidad, QQ-plot para normalidad de residuos, scale-location para homocedasticidad y Cook’s distance…

Lenguaje r
Dominio statistics
Nivel intermediate
Minutos 15

Diseño experimental y contrastes

El alma estadística de DESeq2. Cómo se interpretan las fórmulas, qué cambia con el orden, cómo ajustar por batch, qué significa una interacción y cómo se especifican…

Lenguaje r
Dominio bioinformatics
Nivel intro
Minutos 20

Distribuciones: histogram, density, boxplot, violin

Los cuatro geoms para mostrar la forma de una variable continua. Cuándo elegir cada uno, qué oculta cada uno y por qué el boxplot a veces miente.

Lenguaje r
Dominio visualization
Nivel intro
Minutos 15

Distribuciones: lo que un test asume

Por qué hablar de distribuciones antes de tests. La normal y por qué es central. Inspección visual con QQ-plot vs tests formales de normalidad. Transformaciones cuando no…

Lenguaje r
Dominio statistics
Nivel intermediate
Minutos 15

Diversidad alfa: Shannon, Simpson, Chao1

Qué mide cada índice de diversidad alfa, cuándo aplicar cada uno, por qué rarefying es controvertido y cómo reportar diferencias entre grupos con tests apropiados.

Lenguaje r
Dominio bioinformatics
Nivel intermediate
Minutos 15

Diversidad beta y ordenaciones (PCoA, NMDS, UniFrac)

Cómo se compara la composición entre comunidades. Distancias Bray-Curtis y UniFrac (weighted/unweighted), ordenaciones PCoA y NMDS, el test PERMANOVA con adonis2 y por qué…

Lenguaje r
Dominio bioinformatics
Nivel intermediate
Minutos 18

División train/test con rsample

Por qué dividir los datos es la pieza más importante de cualquier ML honesto. initial_split() con estratificación, validation set, cross-validation con vfold_cv() y el caso…

Lenguaje r
Dominio modeling
Nivel intermediate
Minutos 15

Documento básico: front matter, secciones, output

Anatomía de un .qmd. Front matter YAML con las opciones que importan, formatos HTML/PDF/Word, callouts, tabsets, y los detalles tipográficos que distinguen un informe…

Lenguaje r
Dominio reproducibilidad
Nivel intro
Minutos 15

El ciclo del nitrógeno en detalle

Las cuatro grandes transformaciones del nitrógeno y quién las hace. Fijación, nitrificación, desnitrificación y amonificación, las formas que la planta aprovecha y las…

Lenguaje  
Dominio microbiologia
Nivel intro
Minutos 18

El pipe (|>): por qué cambia cómo se lee R

El operador que convierte código anidado en lectura izquierda-a-derecha. Diferencia entre |> nativo y %>%, y cuál usar a partir de R 4.1.

Lenguaje r
Dominio data-handling
Nivel intro
Minutos 15

El suelo como hábitat: el ambiente más diverso del planeta

Por qué un gramo de suelo contiene más microorganismos que personas hay en la Tierra. Estructura física del suelo, microhábitats, agua, oxígeno y por qué esa heterogeneidad…

Lenguaje  
Dominio microbiologia
Nivel intro
Minutos 15

Entorno: Python + uv + Jupyter en 10 minutos

Por qué Python necesita más configuración que R. uv como el gestor moderno que unifica pip, virtualenv y pyenv. Crear un proyecto, instalar pandas y arrancar Jupyter sin lío…

Lenguaje python
Dominio setup
Nivel intro
Minutos 15

Escalas: log, fechas, percentiles

El componente número 4 de la gramática. Escalas logarítmicas, escalas de fecha, breaks y labels personalizados, el paquete scales para formatters, y la diferencia entre…

Lenguaje r
Dominio visualization
Nivel intro
Minutos 15

Estado persistente: bookmarking y reactiveValues

Bookmarking para URLs que restauran estado, modos URL vs server. reactiveValues() para estado mutable que no es un input. Hooks onBookmark/onRestore para estado custom y…

Lenguaje r
Dominio web-apps
Nivel intermediate
Minutos 15

Estadística descriptiva sin sorpresas

Por qué summary() se queda corto. Tendencia central (media, mediana, moda), dispersión (varianza, SD, IQR), cuartiles y herramientas mejores como skimr.

Lenguaje r
Dominio statistics
Nivel intermediate
Minutos 15

Facetado: facet_wrap y facet_grid

Small multiples como herramienta de exploración. Diferencia entre facet_wrap y facet_grid, cuándo usar scales = ‘free’ (y cuándo no), control de layout y labelling.

Lenguaje r
Dominio visualization
Nivel intro
Minutos 15

Fechas con lubridate: parsing, locale, zonas horarias

Parsing con la familia ymd/dmy/mdy, extracción de componentes, los tres conceptos de aritmética temporal (duration, period, interval) y zonas horarias sin sufrimiento.

Lenguaje r
Dominio data-handling
Nivel intro
Minutos 15

Fechas: pandas DatetimeIndex

Cómo pandas representa fechas con datetime64 y DatetimeIndex, parsing con pd.to_datetime(), filtrado por slice temporal, resample para agregar por período, accesor .dt y…

Lenguaje python
Dominio eda
Nivel intro
Minutos 18

Figuras y tablas publicables

Tablas con gt, flextable y kableExtra (cada una para su contexto), exportación de figuras con calidad imprenta, captions y referencias cruzadas listas para PDF y HTML.

Lenguaje r
Dominio reproducibilidad
Nivel intro
Minutos 15

Fijación biológica de nitrógeno: la nitrogenasa

Cómo unas bacterias rompen el triple enlace del N₂ a temperatura ambiente. La enzima nitrogenasa, su altísimo coste energético, su fatal sensibilidad al oxígeno y las…

Lenguaje  
Dominio microbiologia
Nivel intro
Minutos 18

Geoms básicos: punto, línea, barra

Los tres geoms que cubren el 80% de los gráficos. geom_point con jitter y alpha para overplotting, geom_line con group, y la distinción crítica entre geom_col y geom_bar.

Lenguaje r
Dominio visualization
Nivel intro
Minutos 15

Gráficos interactivos con plotly

ggplotly() para convertir cualquier ggplot a interactivo, plot_ly() nativo cuando hace falta, event_data() para capturar clicks, hovers y selecciones, y crosstalk para…

Lenguaje r
Dominio web-apps
Nivel intermediate
Minutos 15

Includes y child documents

Cómo descomponer un documento grande en piezas reutilizables. Includes para fragmentos comunes (autoría, footers, secciones de metodología), child documents para descomponer…

Lenguaje r
Dominio reproducibilidad
Nivel intro
Minutos 12

Inputs y outputs básicos

El binding implícito por inputId/outputId. Inputs frecuentes (slider, select, numeric, date, text, checkbox, file), outputs frecuentes (plot, table, text, verbatim), y la…

Lenguaje r
Dominio web-apps
Nivel intermediate
Minutos 15

Instalar R, RStudio y tidyverse sin sorpresas

Instalación del ecosistema R con criterio: qué va dónde, por qué install.packages('tidyverse') instala 8 paquetes a la vez, y cómo anticipar el lío clásico de biblioteca…

Lenguaje r
Dominio setup
Nivel intro
Minutos 15

Interpretabilidad con DALEX y vip

Importancia de variables permutation-based con vip, marco unificado DALEX, partial dependence plots (PDP), individual conditional expectation (ICE), SHAP values y los…

Lenguaje r
Dominio modeling
Nivel intermediate
Minutos 15

Joins: merge y concat

Cómo combinar DataFrames en pandas. merge() para joins relacionales con sus cuatro tipos (left, right, inner, outer), concat() para apilar y los gotchas de claves duplicadas…

Lenguaje python
Dominio eda
Nivel intro
Minutos 18

Joins: combinar tablas sin perder filas por error

Los 4 joins que importan (left, inner, full, anti), la regla de oro de validar claves antes del join, y cómo evitar duplicación silenciosa de filas.

Lenguaje r
Dominio data-handling
Nivel intro
Minutos 20

La gramática de los gráficos

Por qué ggplot2 piensa en términos gramaticales (datos + aesthetics + geoms + scales + facets + coords + themes), cómo se traduce eso a código y por qué cambia tu forma de…

Lenguaje r
Dominio visualization
Nivel intro
Minutos 15

La rizosfera: el hervidero alrededor de la raíz

El entorno inmediato de la raíz, donde planta y microbios negocian. El efecto rizosférico, los exudados que la planta invierte para alimentar a sus aliados, la colonización…

Lenguaje  
Dominio microbiologia
Nivel intro
Minutos 17

La simbiosis Rhizobium-leguminosa

El diálogo molecular entre planta y bacteria que construye un órgano fijador a medida. Flavonoides, factores Nod, hilo de infección, nódulos, bacteroides y leghemoglobina.…

Lenguaje  
Dominio microbiologia
Nivel intro
Minutos 20

Layouts modernos con bslib

bslib como el reemplazo moderno de shinydashboard. page_sidebar() y page_navbar(), cards, value_box para KPIs, nav_panel para tabs, theming con bs_theme.

Lenguaje r
Dominio web-apps
Nivel intermediate
Minutos 15

Learn errors + denoising

El corazón estadístico de DADA2. Cómo se aprende el modelo de errores del secuenciador con learnErrors(), cómo dada() lo aplica para distinguir variantes reales de ruido, y…

Lenguaje r
Dominio bioinformatics
Nivel intermediate
Minutos 18

Leer datos del mundo real con readr

read_csv() vs read.csv(), control de tipos por columna, locale para datos en formato europeo (decimales con coma, fechas dd/mm/yyyy).

Lenguaje r
Dominio data-handling
Nivel intro
Minutos 15

Leer datos: CSV, Excel, Parquet

pd.read_csv() y los 5 argumentos que importan, manejo de tipos por columna con dtype, locale para datos europeos, read_excel con sheets, Parquet como formato moderno y…

Lenguaje python
Dominio eda
Nivel intro
Minutos 15

Libros con Quarto Book

El sistema Quarto Book para contenido largo. Estructura por capítulos, parts, salida a HTML / PDF / EPUB, índice y referencias cruzadas entre capítulos, y los detalles que…

Lenguaje r
Dominio reproducibilidad
Nivel intro
Minutos 15

Merge pairs + remoción de quimeras

Cómo combinar R1 y R2 en un amplicón completo con mergePairs(), construir la tabla de secuencias y filtrar quimeras de PCR con removeBimeraDenovo. Decisiones que afectan a…

Lenguaje r
Dominio bioinformatics
Nivel intermediate
Minutos 15

Metagenómica: qué se mide, por qué importa

Qué es la metagenómica, en qué se distingue de transcriptómica o genómica clásica, qué preguntas biológicas responde y cuáles son los proyectos canónicos del campo (HMP…

Lenguaje r
Dominio bioinformatics
Nivel intermediate
Minutos 15

Micorrizas: la simbiosis más extendida del planeta

La asociación entre hongos y raíces que nutre a la mayoría de las plantas. Micorrizas arbusculares y ectomicorrizas, por qué el fósforo es la clave, la red micelial que…

Lenguaje  
Dominio microbiologia
Nivel intro
Minutos 18

Modules: cómo escalar más allá de 200 líneas

El sistema de modules de Shiny. moduleServer() y la pareja UI/server, namespaces con NS() y ns(), comunicación entre módulos vía reactives, y por qué la regla ’modulariza…

Lenguaje r
Dominio web-apps
Nivel intermediate
Minutos 25

Métricas: clasificación, regresión, qué elegir

yardstick como API unificada. Accuracy, precision, recall, F1, ROC AUC vs PR AUC para clases desbalanceadas, log-loss y calibración. RMSE vs MAE vs MAPE en regresión.…

Lenguaje r
Dominio modeling
Nivel intermediate
Minutos 15

Múltiples predictores: cuando uno no basta

Regresión múltiple con lm(). Interpretación ‘ajustando por otras variables’, factores como predictores, interacciones con *, colinealidad medida con VIF y comparación de…

Lenguaje r
Dominio statistics
Nivel intermediate
Minutos 20

Normalización y transformaciones (vst, rlog)

Por qué los counts crudos y el log ingenuo no sirven para visualizar, qué hacen vst y rlog, cuándo usar cada uno y cómo encajan en el flujo de PCA y heatmap.

Lenguaje r
Dominio bioinformatics
Nivel intro
Minutos 15

NumPy: arrays vectorizados

Por qué Python entero está construido sobre NumPy. ndarray vs list de Python, vectorización vs loops, broadcasting, indexing y operaciones agregadas. La base sobre la que se…

Lenguaje python
Dominio eda
Nivel intro
Minutos 15

Operaciones por columnas y filas

Crear columnas calculadas con assign(), aplicar condiciones vectorizadas con np.where() y np.select(), por qué .apply() suele ser la última opción y cuándo sí merece la pena.

Lenguaje python
Dominio eda
Nivel intro
Minutos 15

Otras simbiosis fijadoras: actinorizas y cianobacterias

Más allá de las leguminosas. Las actinorizas con Frankia en suelos pobres y repoblación forestal, las cianobacterias con el helecho Azolla en arrozales, y los fijadores…

Lenguaje  
Dominio microbiologia
Nivel intro
Minutos 16

PGPR: bacterias promotoras del crecimiento

Las bacterias que ayudan a la planta de muchas formas a la vez. Mecanismos directos (fijar, solubilizar fósforo, fabricar hormonas) e indirectos (biocontrol: antibiosis…

Lenguaje  
Dominio microbiologia
Nivel intro
Minutos 18

Parametrizar informes

Cómo convertir un .qmd en una plantilla que produce un informe distinto según parámetros: cliente, periodo, región. Sintaxis params, render desde CLI y desde R, y patrones…

Lenguaje r
Dominio reproducibilidad
Nivel intro
Minutos 15

Plotting: matplotlib + seaborn esenciales

El stack de visualización de Python. matplotlib como motor, seaborn para gráficos estadísticos elegantes, plot() directo desde pandas y los patrones que separan un gráfico…

Lenguaje python
Dominio viz
Nivel intro
Minutos 20

Publicación: GitHub Pages, Netlify, QuartoPub

Tres caminos para poner un sitio Quarto online. GitHub Pages como default open-source, Netlify para configuración custom y dominios, QuartoPub para preview rápida. Pros…

Lenguaje r
Dominio reproducibilidad
Nivel intro
Minutos 15

Puntualidad de aerolíneas — NYC 2013

Un análisis real con tidyverse de principio a fin: lectura, limpieza, transformación, agregación, visualización y publicación. Junta los 11 tutoriales anteriores en un…

Lenguaje r
Dominio data-handling
Nivel intro
Minutos 30

QC visual: PCA y heatmap de muestras

Cómo se diagnostica un análisis RNA-seq antes de mirar resultados. PCA de muestras leído con criterio, heatmap de distancias entre muestras y qué significa que las réplicas…

Lenguaje r
Dominio bioinformatics
Nivel intro
Minutos 15

QC y filtrado de reads amplicón

El primer paso real de DADA2. Lectura de perfiles de calidad por posición, decisiones de truncado de R1 y R2, eliminación de primers con cutadapt y filtrado con…

Lenguaje r
Dominio bioinformatics
Nivel intermediate
Minutos 18

Quarto: qué es y cómo se compara con Rmd

Qué es Quarto, en qué se diferencia de R Markdown, por qué Posit lo adopta como sucesor y cuándo conviene migrar (o no). Instalación y primer documento.

Lenguaje r
Dominio reproducibilidad
Nivel intro
Minutos 12

Quién vive en el suelo: bacterias, hongos, arqueas, protistas

Los grandes grupos del microbioma del suelo. Qué hace cada uno, por qué el tamaño y el estilo de vida (unicelular vs filamentoso) cambian su papel ecológico, y cómo se…

Lenguaje  
Dominio microbiologia
Nivel intro
Minutos 16

Reactividad: el corazón conceptual

El grafo reactivo, reactive() vs observe() vs observeEvent() vs eventReactive(). Lazy evaluation, side effects vs values, isolate() para romper la cadena y debug con…

Lenguaje r
Dominio web-apps
Nivel intermediate
Minutos 25

Regresión lineal: el modelo más útil que existe

lm() en R: fórmulas, interpretación de coeficientes, intervalos de confianza con confint(), predicción con predict() y por qué R² no es todo.

Lenguaje r
Dominio statistics
Nivel intermediate
Minutos 20

Reporte con gtsummary

El estándar moderno para tablas estadísticas publicables. tbl_summary() para descriptivas por grupo, tbl_regression() para modelos, personalización de labels y estadísticos…

Lenguaje r
Dominio statistics
Nivel intermediate
Minutos 15

Reproducibilidad: renv y Docker

Lo que distingue un análisis reproducible de uno con buenas intenciones. renv para bloquear versiones de paquetes R, uv para Python, Docker para bloquear el sistema entero…

Lenguaje r
Dominio reproducibilidad
Nivel intro
Minutos 20

Reshape: melt y pivot

Cómo cambiar entre formato wide y long en pandas. melt() para pasar a long, pivot() y pivot_table() para volver a wide, y por qué long format es casi siempre lo que quieres…

Lenguaje python
Dominio eda
Nivel intro
Minutos 15

Resultados y shrinkage con lfcShrink

Por qué los log2FoldChange crudos son ruidosos en genes poco expresados, cómo lfcShrink encoge los LFCs hacia cero según la incertidumbre, qué algoritmo elegir (apeglm…

Lenguaje r
Dominio bioinformatics
Nivel intro
Minutos 15

Selección: .loc, .iloc, boolean indexing

Cómo elegir filas y columnas en pandas sin sufrir. La distinción etiqueta vs posición, boolean indexing al estilo tidyverse y por qué SettingWithCopyWarning aparece y cómo…

Lenguaje python
Dominio eda
Nivel intro
Minutos 15

Setup Bioconductor para microbioma

Los paquetes que necesitas instalados antes de tocar datos: DADA2, phyloseq, microbiome, microViz, ANCOM-BC, MaAsLin2 y bases SILVA. Cómo verificar la instalación y cómo…

Lenguaje r
Dominio bioinformatics
Nivel intermediate
Minutos 12

Tablas cruzadas y chi-cuadrado

Tests sobre datos categóricos. table() y prop.table() con márgenes, chisq.test() y la regla del 80%/5, fisher.test() para frecuencias bajas y McNemar para datos pareados.

Lenguaje r
Dominio statistics
Nivel intermediate
Minutos 10

Tablas interactivas con DT y reactable

Las dos opciones modernas para tablas interactivas en Shiny. DT como veterano basado en DataTables.js, reactable como sucesor moderno. Cuándo cada uno, paginación, filtrado…

Lenguaje r
Dominio web-apps
Nivel intermediate
Minutos 15

Tamaños de efecto e intervalos: lo que el p-value no dice

Por qué un p-value solo es insuficiente. Cohen’s d para diferencias de medias, eta-squared para ANOVA, R² y betas estandarizados, odds ratios para logística. El paquete…

Lenguaje r
Dominio statistics
Nivel intermediate
Minutos 15

Themes y customización tipográfica

El séptimo componente de la gramática: el aspecto no relacionado con los datos. Themes built-in, theme() y los elementos, tipografía editorial con showtext y cómo crear un…

Lenguaje r
Dominio visualization
Nivel intro
Minutos 20

Técnicas: 16S amplicón vs shotgun

La decisión técnica que más condiciona el análisis. Qué resolución da cada técnica, qué cuesta, qué sesgos introduce y por qué esta ruta se centra en amplicón 16S.

Lenguaje r
Dominio bioinformatics
Nivel intermediate
Minutos 18

Un proyecto en R: cómo no perderse en tu propio código

RStudio projects, here::here() y una estructura de carpetas que escala. Lo que separa scripts dispersos de un análisis reproducible.

Lenguaje r
Dominio data-handling
Nivel intro
Minutos 15

Validación de inputs y errores controlados

Cómo evitar pantallazos rojos al usuario. req() para ‘todavía no’, validate() + need() para mensajes específicos, showNotification y modalDialog para feedback, y safeError…

Lenguaje r
Dominio web-apps
Nivel intermediate
Minutos 15

Volcano y MA plots publicables

Cómo se construyen los dos gráficos de resultados más usados en RNA-seq. Volcano con ggplot2 desde cero, MA plot de DESeq2 vs implementación manual, y los detalles que…

Lenguaje r
Dominio bioinformatics
Nivel intro
Minutos 18

Websites con Quarto

De un .qmd suelto a un sitio web completo. Estructura de proyecto, navbar, sidebar, listings para blogs y catálogos, temas, y los detalles que separan un sitio amateur de…

Lenguaje r
Dominio reproducibilidad
Nivel intro
Minutos 18

SummarizedExperiment y DESeqDataSet

El contenedor estándar de Bioconductor para datos ómicos. Cómo se estructura, por qué counts + colData + rowData en un solo objeto evita errores, y cómo DESeqDataSet…

Lenguaje r
Dominio bioinformatics
Nivel intro
Minutos 15

filter(): subconjuntos por condición

El verbo más usado de dplyr. Condiciones simples y compuestas, el gotcha de NA, operadores útiles (between, %in%, if_any/if_all) y trampas reales.

Lenguaje r
Dominio data-handling
Nivel intro
Minutos 15

ggplot() y aes(): el mapeo estético

Qué significa mapear una variable a una propiedad visual. La diferencia entre mapeo estético y argumento fijo, los aesthetics más útiles y los errores que casi todo el mundo…

Lenguaje r
Dominio visualization
Nivel intro
Minutos 15

group_by() + summarise(): el patrón split-apply-combine

Agregar datos por grupo: qué hace group_by() realmente, agregaciones múltiples, el warning de .groups que casi nadie entiende y el patrón group_by + mutate.

Lenguaje r
Dominio data-handling
Nivel intro
Minutos 20

groupby() y .agg()

El motor de análisis de pandas. Split-apply-combine, agregaciones múltiples con .agg(), named aggregations al estilo dplyr, transform vs agg vs apply y por qué observed=True…

Lenguaje python
Dominio eda
Nivel intro
Minutos 18

mutate(): crear y transformar columnas

El verbo para añadir o modificar columnas en un pipeline. case_when() como ifelse adulto, across() para varias columnas a la vez y trampas de orden de evaluación.

Lenguaje r
Dominio data-handling
Nivel intro
Minutos 15

parsnip: especificar modelos agnóstico al engine

La interfaz unificada para modelos de ML en R. linear_reg(), rand_forest(), set_engine() y set_mode(). Intercambiar ranger ↔︎ xgboost ↔︎ glmnet sin reescribir el pipeline.

Lenguaje r
Dominio modeling
Nivel intermediate
Minutos 15

patchwork para combinar gráficos

El paquete que combina varios ggplots en una sola figura. Sintaxis con + y /, plot_layout() para grids, & para temas compartidos y plot_annotation() para títulos globales.

Lenguaje r
Dominio visualization
Nivel intro
Minutos 15

phyloseq: contenedor y composición taxonómica

El contenedor central del microbioma. Cómo se construye un phyloseq con otu_table + sample_data + tax_table + phy_tree desde el output de DADA2, cómo se manipula sin…

Lenguaje r
Dominio bioinformatics
Nivel intermediate
Minutos 18

recipes: preprocesado sin fugas de datos

La regla de oro del preprocesado: fit en train, aplica en test. Steps comunes (normalize, dummy, impute), prep() vs bake() vs juice(), y por qué el orden de los pasos…

Lenguaje r
Dominio modeling
Nivel intermediate
Minutos 20

select(): elegir y renombrar columnas con intención

Selección por nombre, por negación y por propiedad. Helpers (starts_with, where), renombrar al seleccionar y reordenar con relocate().

Lenguaje r
Dominio data-handling
Nivel intro
Minutos 15

tidyr: pivot_longer y pivot_wider

Qué es tidy data, cuándo cada formato es el correcto y cómo moverte entre ellos. pivot_longer, pivot_wider y los helpers que casi nadie conoce.

Lenguaje r
Dominio data-handling
Nivel intro
Minutos 15

tune: optimizar hiperparámetros sin trampas

Marcar hiperparámetros con tune(), búsqueda en grid con tune_grid(), tipos de grid (regular, latin hypercube, irregular), tune_bayes() para búsqueda inteligente, racing…

Lenguaje r
Dominio modeling
Nivel intermediate
Minutos 20

workflows: el contenedor que evita el caos

El objeto que combina recipe + modelo en una unidad serializable. fit() y predict() unificados, actualización de partes con update_recipe / update_model, y serialización…

Lenguaje r
Dominio modeling
Nivel intermediate
Minutos 15

workflowsets: comparar modelos en serio

Cruzar múltiples recipes × múltiples modelos en una matriz, entrenar todo en paralelo con workflow_map(), rankear con rank_results() y visualizar con autoplot().

Lenguaje r
Dominio modeling
Nivel intermediate
Minutos 15

pandas: Series, DataFrame, Index

Los tres tipos fundamentales de pandas. La Series como vector con nombres, el DataFrame como tabla con índice, y por qué el Index es más importante de lo que parece.

Lenguaje python
Dominio eda
Nivel intro
Minutos 15

¿Qué es Shiny y cuándo merece la pena?

Shiny como framework web reactivo desde R. Comparación honesta con Quarto Dashboards, Streamlit/Dash y Tableau/Power BI. Cuándo el coste de mantener una app justifica el ROI…

Lenguaje r
Dominio web-apps
Nivel intermediate
Minutos 15
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