Metagenómica con DADA2 y phyloseq: del FASTQ al informe

Libro práctico de 110 páginas

Análisis de microbioma 16S en serio. Pipelines DADA2 reproducibles, manejo de batch, análisis composicional moderno (ANCOM-BC, MaAsLin2), integración con metadata clínica y un caso multi-cohorte llevado a informe Quarto.
Autor/a

Rmori

Nota

Próximo lanzamiento, enero 2028. Esta página es el stub del producto. Sample chapter, índice completo y enlace de compra se publicarán al cerrar la edición.

Para quién es este libro

Si has hecho la ruta gratuita “Metagenómica con DADA2 y phyloseq” y trabajas con datos reales, cohortes multi-batch, metadata clínica heterogénea, decisiones que se tienen que defender, este libro es la siguiente etapa.

Qué incluye

  • 110 páginas de contenido editorial (PDF).
  • Tres casos reales seguidos de principio a fin: caso-control gut, intervención dietética y comparación ambiental (suelo agrícola).
  • Manejo de batch effects con RUV y residualización.
  • Normalización composicional avanzada: CLR, ILR, y por qué DESeq2 no es la opción canónica para microbioma.
  • Integración con metadata clínica (gtsummary + modelos mixtos).
  • Pipelines reproducibles con targets y renv.
  • Informe final con Quarto: figuras, tablas, métodos y sessionInfo.
  • Datasets, scripts y proyecto completo descargables.
  • Actualizaciones de la edición vigente incluidas.

Índice (provisional)

  1. Antes del análisis: diseño y power para microbioma
  2. Importación moderna: DADA2 + tximeta del microbioma
  3. Composicionalidad: por qué los counts no son lo que parecen
  4. Diversidad alfa y beta en serio: cuándo cada métrica
  5. ANCOM-BC, MaAsLin2, ALDEx2: comparativa práctica
  6. Batch effects: cuándo ~ batch +, cuándo RUV
  7. Integración con metadata clínica
  8. Pipelines con targets y renv
  9. Informe final con Quarto + plantilla corporativa
  10. Tres casos completos

Precio y compra

Precio: 29 €. Enlace de compra disponible al lanzamiento.